Từ ngày 13 tháng 7 đến 18 tháng 8 năm 2020, 9 bệnh nhân ở hai tỉnh Hà Nội (2 ca điều trị tại Bệnh viện Bạch Mai chuyển từ Bệnh viện Lão Khoa Trung ương) và Thành phố Hồ Chí Minh (5 ca điều trị tại Bệnh viện Chợ Rẫy; 2 ca tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới) đã nhập viện cấp cứu với các triệu chứng của ngộ độc thịt. Trong số 9 người này, có 7 người phải thở máy.[14][15][16] Các ca bệnh Thành phố Hồ Chí Minh đều đến từ những tỉnh thành khác nhau như Đồng Nai[17][18], Long An, Bình Dương,[19] Bà Rịa – Vũng Tàu[20], Khánh Hòa[21]; số bệnh nhân này được chuyển từ tuyến viện tỉnh lên tuyến trung ương.[22] Có nhiều bệnh nhân thuộc nhóm người trẻ,[23] một người bị ngộ độc là phụ nữ đang mang thai.[14][24] Những trường hợp tương tự cũng tiếp tục xảy ra ở nhiều nơi,[25] trong đó có Quảng Nam với bốn ca bệnh ở Bệnh viện Đa khoa Vĩnh Đức.[26][27] Cho tới trước ngày 1 tháng 9 năm 2020, đã có khoảng 20 người phải vào viện khám sau khi ăn pa tê Minh Chay.[25][28] Trước ngày 9 tháng 9 năm 2020, có tổng cộng 35 người đến Trung tâm Chống độc Bệnh viện Bạch Mai để khám lâm sàng sau khi ăn pa tê Minh Chay, trong đó 13 ca nghi ngộ độc nhẹ và đã được cho về nhà để theo dõi thêm.[29] 24 trường hợp khách hàng khác cũng báo cáo với Sở Y tế Hà Nội về việc gặp phải dấu hiệu ngộ độc.[30][31] Số người phải nhập viện điều trị trong tình trạng nặng đã lên đến 17 người tính đến ngày 30 tháng 9 năm 2020.[20][32]

Tại hai ca bệnh đầu ở Hà Nội, là hai vợ chồng, Trung tâm chống độc Bệnh viện Bạch Mai đã tiến hành xét nghiệm và xác định bệnh nhân bị ngộ độc vì nhiễm khuẩn Clostridium botulinum (trực khuẩn mủ xanh),[1][33] một loại vi khuẩn kị khí và sinh bào tử, độc lực rất mạnh, khó phát hiện và có thể khiến người trúng độc bị ảnh hưởng sức khỏe kéo dài, dễ tử vong.[14][34] Khi khai thác bệnh sử, bệnh viện phát hiện ra rằng cặp vợ chồng người bệnh này trước đó từng ăn hai hộp (một hộp đang ăn dở) pa tê Minh Chay.[33] Đối với những ca bệnh ở miền Nam, các bác sĩ phải dành nhiều ngày tìm bệnh có triệu chứng tương tự để đi đến kết luận và báo cáo với Bộ Y tế.[35]

Ngày 19 tháng 8 năm 2020, sau khi tiếp nhận thông tin về hai ca bệnh ngộ độc tại Hà Nội, Cục An toàn Thực phẩm quốc gia (VFA) đã ra công văn 1907/ATTP-NĐTT đề nghị Sở Y tế cùng Chi Cục an toàn vệ sinh thực phẩm Hà Nội đến kiểm tra cơ sở sản xuất pa tê Minh Chay.[1][36] Vào ngày 20 tháng 8,[lower-alpha 2][14] đoàn kiểm tra của Chi Cục an toàn vệ sinh thục phẩm thành phố đã tới kiểm tra xác minh thông tin, theo đó ghi nhận tiêu chí điều kiện vệ sinh của cơ sở không đảm bảo, trước khi báo lại với Phòng Y tế huyện Đông Anh đình chỉ hoạt động sản xuất công ty,[1] tạm dừng hiệu lực giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn vệ sinh thực phẩm và 13 bản tự công bố các sản phẩm công ty,[38] đồng thời lấy mẫu các lô hàng để gửi cho Viện Kiểm nghiệm An toàn vệ sinh thực phẩm Việt Nam. Bên cạnh những mẫu thu thập tại cơ sở, viện kiểm nghiệm cũng lấy mẫu hộp pa tê ăn dở từ hai bệnh nhân Hà Nội.[1] Tới ngày 25 tháng 8 cùng năm, viện đã thông báo kết quả ban đầu cho thấy mẫu bệnh phẩm bệnh nhân và hộp pa tê dùng dở trên có dương tính với khuẩn Clostridium botulinum.[1][39]

Ngày 28 tháng 8 năm 2020, VFA tiếp tục lấy 18 mẫu pa tê của hiệu Minh Chay để xét nghiệm thêm.[23] Đến chiều cùng ngày, VFA nhận được hai kết quả kiểm nghiệm lần lượt từ Viện Y tế công cộng thành phố Hồ Chí Minh và Viện Kiểm nghiệm An toàn vệ sinh thực phẩm quốc gia, xác nhận rằng có sự xuất hiện của Clostridium botulinum type B trong mẫu pa tê nguyên hộp.[1][40] Sau khi biết kết quả, ngay tối cùng ngày, Cục An toàn Thực phẩm Việt Nam đã tổ chức một buổi họp khẩn với Sở Y tế Hà Nội và Chi Cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Nội.[41][42] Một ngày sau đó vào 29 tháng 8 năm 2020, VFA đã đăng tải thông tin yêu cầu thu hồi khẩn cấp các sản phẩm của công ty Lối Sống Mới trên trang web chính thức, bên cạnh việc ban hành công văn số 1995/ATTP-NĐTT[40] tới các Sở Y tế, Ban quản lý và Chi Cục an toàn vệ sinh thực phẩm của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để rà soát và thu hồi sản phẩm, đồng thời thông báo trên các phương tiện truyền thông đại chúng Việt Nam.[1] Trưa cùng ngày, lãnh đạo Cục An toàn Thực phẩm đã có phát ngôn chính thức về sự việc trên sóng VTV1.[42][43] Cục cũng ban hành công văn 1996/ATTP-NĐTT gửi Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Hà Nội, đơn vị quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm đối với công ty Lối Sống Mới, để xác minh vi phạm và gửi cho cơ quan cảnh sát điều tra nếu có dấu hiệu hình sự,[1][44] đến ngày 1 tháng 9 gửi tiếp một công văn khác tới Công an thành phố Hà Nội yêu cầu điều tra công ty.[45][46] Trong đợt kiểm tra của NAFIQAD Hà Nội ngày 1 tháng 9 tại cơ sở, công ty chưa xuất trình được đầy đủ hồ sơ nguồn gốc, xuất xứ các loại nguyên liệu phục vụ sản xuất các sản phẩm.[47][48] Tới ngày 3 tháng 9 cùng năm, cơ sở sản xuất đã bị niêm phong.[49]

Theo kết quả kiểm tra, từ 1 tháng 7 đến 20 tháng 8 năm 2020, có tổng 11771 khách hàng mua 13 sản phẩm công ty, trong đó riêng pa tê Minh Chay là 7449 người.[lower-alpha 3][51][52] Cũng dựa trên thống kê cụ thể, từ trước đến nay công ty đã bán ra 21500 sản phẩm đến 10000 người tiêu dùng.[53][54] Dù được loan báo rộng rãi, vẫn có người tiếp tục tiêu thụ sản phẩm vì không tiếp cận thông tin cảnh báo.[55][56] Có nhiều người dùng báo cáo bị ngộ độc nhẹ nhưng sau đó tự điều trị tại nhà và đã khỏi.[57] Trong số những người mua được thông báo thu hồi, nhiều người mua thông tin rằng đã ăn hết hoặc chủ động tiêu hủy sản phẩm nên không còn để thu hồi, một số trường hợp khác thì yêu cầu được giữ lại để đòi bồi thường.[58][59] Nhiều người cũng mua pa tê Minh Chay để biếu tặng, cúng dường cho chùa và các vị tu hành trong chùa.[60] Tính đến ngày 22 tháng 9, cơ quan chức năng đã thu hồi 605 hộp pa tê Minh Chay và 195 sản phẩm khác, có 47 tỉnh đã báo cáo thống kê số sản phẩm thu hồi được.[59]

Vì đây là một dạng ngộ độc hiếm gặp[44] và thuốc chữa thuộc loại "thuốc mồ côi",[97][98] các liều thuốc giải độc tố botulinum rơi vào tình trạng khan hiếm, với giá cho mỗi lọ là 185 triệu đồng (8000 USD).[28] Ngày 3 tháng 9 năm 2020, VFA đã cung cấp thông tin về vụ việc cho INFOSAN, một mạng lưới về an toàn thực phẩm nằm dưới sự điều hành của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) và FAO.[99] Văn phòng của WHO tại Hà Nội đã chỉ định Bệnh viện Bạch Mai để nhập hai lọ thuốc từ Thái Lan về sử dụng cho hai ca bệnh đầu tiên và được dùng từ ngày 27 tháng 8.[33][100] WHO sau đó cũng tiếp tục tài trợ khẩn cấp 10 liều thuốc kháng độc từ Thụy Sĩ về Việt Nam cho Bệnh viện Bạch Mai để phân sang các viện khác vào ngày 8 tháng 9 năm 2020 và được bảo quản ở điều kiện đặc biệt.[101][102][103] 6 lọ thuốc trong số 10 liều thuốc này đã được chuyển vào Nam dùng cho những ca bệnh nặng nhất, số còn lại sẽ dự trù cho tương lai.[102][104][105] Đến ngày 27 tháng 11 cùng năm, người bệnh nhân nam trong hai ca bệnh ở Hà Nội đã tử vong tại nhà sau khi gia đình xin xuất viện không tiếp tục chữa trị vì bệnh chuyển xấu và tiên lượng nặng.[106][107]